Trots dess fördelar kan hybrid cloud computing presentera tekniska, affärs- och managementutmaningar. Privata moln arbetsbelastningar måste komma åt och interagera med offentliga moln leverantörer, så som nämnts ovan kräver hybrid moln API-kompatibilitet och solid nätverksanslutning.
För det offentliga molnet i ett hybridmoln finns det potentiella problem med anslutningen, överenskommelser om servicenivåavtal (SLA) och andra möjliga serviceavbrott. För att mildra dessa risker kan organisatörer arbeta med arkitekthybrid moln som samverkar med flera offentliga molnleverantörer. Detta kan emellertid komplicera arbetsbelastningsdesign och testning. I vissa fall måste ett företag omorganisera arbetsbelastningar som är slated för hybrid moln för att ta itu med specifika offentliga molnleverantörers API.
En annan utmaning med hybrid cloud computing är byggandet och underhållet av det privata molnet i sig, vilket kräver stor kompetens från lokal IT-personal och molnarkitekter. Genomförandet av ytterligare programvara, som databaser, helpdesk-system och andra verktyg kan ytterligare komplicera ett privat moln. Dessutom är företaget fullt ansvarigt för det tekniska stödet för ett privat moln och måste tillgodose eventuella ändringar av API: er för offentliga moln och serviceändringar över tiden.